วัดต้นสนสร้างขึ้นในสมัยกรุงศรีอยุธยาตอนปลาย แต่ไม่มีการจดบันทึกประวัติเป็นหลักฐานแน่ชัด จึงเล่าสืบต่อกันมาว่า วัดชำรุดทรุดโทรมมากเกือบจะกลายเป็นวัดร้าง ต่อมาในปี พ.ศ.2488 พระราชสุวรรณโมลี อดีตเจ้าคณะจังหวัดอ่างทองได้บูรณะก่อสร้างและขยายอาณาเขตให้กว้างขวาง